佐世保市の中心駅であり、JR九州の佐世保線と松浦鉄道の2路線が乗り入れており、JR全駅中、再西端の駅です。国道側入り口は「東口」、佐世保港側入り口は「みなと口」の名前が付いています。

東口側は西肥自動車（させぼバス）のバスターミナルがある他、マンションやホテルなどが立ち並び、みなと口側は目の前を西九州自動車道の高架が横切り、佐世保五番街や佐世保港が目の前にあります。

駅構内には佐世保のお土産品を豊富に揃えたお土産屋さんや飲食店、コンビニエンスストア、観光案内所の佐世保観光情報センターなどがあり、複合商業ビル「えきマチ1丁目佐世保」が隣接しています。